Горно-Алтайский ботанический сад был создан совместным постановлением правительства Республики Алтай и президиума СО РАН (Сибирского отделения Российской академии наук) в 1994 году. Была поставлена задача создания самостоятельного подразделения академической науки в Республике Алтай на паритетных началах.
Основными задачами филиала в Республике Алтай являются: изучение и сохранение генетического многообразия горных экосистем; интродукция (переселение новых растений в местную среду) и внедрение в производство новых представителей генофонда; развитие фундаментальных и прикладных ботанических исследований в регионе; научно-организационная работа по обустройству памятника природы «Шишкулар - Катаил - Чистый Луг».
Памятник природы «Шишкулар - Катаил - Чистый Луг» находится в долине р. Сема. С севера, востока и запада реки Катунь и Сема образуют естественную границу природного комплекса, а южная граница проходит по реке Сосновой и водоразделу логов Катаил и Шишкулар.
Это участок живописной местности, где произрастают реликтовые и исчезающие виды растений, где стыкуются природно-климатические зоны. Леса, находящиеся на этой территории, занесены в Зеленую книгу Западной Сибири. Сегодня в ботаническом саду функционируют отделы охраны и систематики растений, гербарий, коллекцион-ная экспозиция и ландшафтное благоустройство, отдел комплексного использования и воспроизводства растительных ресурсов.
Ботанический сад находится в селе Камлак, 502 км Чуйского тракта.